Immunosuppressiivista lääkitystä käytetään myös pahenemisvaiheiden estohoitona. Crohnin taudissa immunosuppressiivinen lääkitys aloitetaan usein suoraan ylläpitolääkkeeksi.
Lääkityksen aikana infektioherkkyys saattaa lisääntyä, minkä takia eläviä viruksia sisältävien rokotteiden käyttöä tulee välttää.
Atsatiopriini ja 6-merkaptopuriini vaikuttavat estämällä nukleiinihappometaboliaa ja immuunivasteeseen osallistuvien solujen jakautumista. Vaikutus alkaa hitaasti 3–6 kuukauden aikana. Lääkkeet annostellaan tabletteina.
Metotreksaatti vähentää immuunijärjestelmän solujen toimintaa ja aktivaatiota. Metotreksaatin vaikutus tulee esiin suhteellisen hitaasti. Täysi vaikutus on todettavissa noin kahden kuukauden kuluttua hoidon aloittamisesta. Metotreksaatin käyttö on kielletty vähintään kolme kuukautta ennen raskautta sekä raskauden ja imetyksen aikana. Myös miehen on tauotettava lääke vähintään kolme kuukautta ennen raskauden alkua. Metotreksaatti voidaan annostella tabletteina tai pistoksina itse kotona pistäen.
Jos atsatiopriinilla, 6-merkaptopuriinilla tai metoreksaatilla saavutetaan hoitovaste, lääkitystä jatketaan 3–5 vuotta.
Siklosporiini on kalsineuriinin estäjä, jota käytetään lyhytaikaisesti vaikean haavaisen paksusuolentulehduksen hoitoon. Siklosporiinia voidaan antaa muutaman päivän ajan suonensisäisenä infuusiona sairaalassa. Jos saavutetaan hoitovaste, lääkitystä jatketaan suun kautta annosteltuna 3–4 kuukauden ajan.