Tupakoinnin on todettu lisäävän Crohnin taudin uusiutumisriskiä, vaikeuttavan taudin kulkua, lisäävän leikkausriskiä ja hidastavan leikkauksesta toipumista. Tutkimusten mukaan tupakointi myös heikentää esimerkiksi biologisten lääkkeiden tehoa.
Crohnin tautia sairastavan kannattaa lopettaa tupakointi, sillä lopettaminen parantaa taudin kulkua. Tupakoinnin lopettamisen jälkeen taudin uusiutumisen vaara ja leikkaukseen joutumisen riski ovat samansuuruisia kuin tupakoimattomilla.
Crohnin tautia sairastavia pyritään tukemaan aktiivisesti tupakoinnin lopettamisessa. Tupakoinnin lopettamisen tueksi lääkäri kirjoittaa reseptin vieroituslääkkeestä. Monissa terveyskeskuksissa on tupakasta vieroitusryhmiä, joista saa tukea tupakoinnin lopettamiseen.