Leikkauksessa tehdään paksusuolen ja peräsuolen poisto. Ohutsuolen loppuosasta rakennetaan peräsuolen korvaava säiliö eli niin sanottu J-pussi, joka yhdistetään peräaukkoon. Tällaista leikkausta kutsutaan IPAA-leikkaukseksi. Leikkaus mahdollistaa normaalin ulostamisen peräaukon kautta, ja vältytään pysyvältä ohutsuoliavanteelta. Leikkauksen myötä haavainen paksusuolitulehdus paranee ja potilas ei enää tarvitse siihen määrättyä lääkitystä.
Suunnitellussa eli elektiivisessä leikkauksessa on mahdollista tehdä paksu- ja peräsuolen poisto eli proktokolektomia sekä J-pussi yhdessä leikkauksessa. Väliaikaisen, sauman paranemista suojaavan avanteen tarvetta harkitaan yleensä potilaskohtaisesti. Mikäli väliaikainen avanne tehdään, se voidaan myöhemmin toisessa leikkauksessa sulkea, kun ensin on varmistettu aiemmin tehty suoliliitos parantuneeksi.
Päivystysleikkauksessa tehdään paksusuolen poisto, mutta jätetään peräsuoli ja tehdään väliaikainen ohutsuoliavanne. Näissäkin tapauksissa J-pussi voidaan lähes aina rakentaa myöhemmin peräsuolen poiston yhteydessä.
J-pussi on ohutsuolesta rakennettu säiliö. Paksu- ja peräsuoli irrotetaan ja katkaistaan peräsuolesta sulkijalihasten yläpuolelta. Ohutsuolen loppuosasta muodostetaan J-kirjaimen muotoinen säiliö, joka kiinnitetään suolisaumalla peräaukkoon. Peräaukon sulkijalihakset säästetään, jotta pidätyskyky toimisi mahdollisimman normaalisti leikkauksen jälkeen.
Tavallisin leikkauksen jälkeinen pitkäaikaiskomplikaatio on säiliötulehdus eli pussiitti, jossa ohutsuolesta tehty säiliö tulehtuu. Kun leikkauksesta on kulunut kymmenen vuotta, vajaa puolet leikatuista on kokenut vähintään yhden säiliötulehduksen. Säiliötulehduksen oireita ovat tiheentynyt ulostamistarve ja verentulo ulosteisiin. Tulehdusta hoidetaan pääasiassa antibiooteilla. Probioottivalmistetta VSL#3 voidaan käyttää säiliötulehdusten estohoitoon.
Kaikille haavaista paksusuolentulehdusta sairastaville ei voida tehdä J-pussileikkausta. Jos potilas on iäkäs ja huonokuntoinen tai potilaan sulkijalihakset eivät toimi optimaalisesti, pussia ei kannata tehdä. Joskus harvoin suoli ei riitä J-pussiksi riittävän alas lantioon. Mikäli potilas haluaa ehdottomasti mieluummin ohutsuolitavanteen, sellainen voidaan tehdä ja jättää potilaan toiveesta J-pussi rakentamatta.