Crohnin tauti voi puhjeta missä iässä tahansa. Tavallisin sairastumisikä on nuoruus tai varhainen aikuisikä 15-30 -vuotiaana. Suomessa Crohnin tautiin sairastuu noin 600-800 henkilöä vuodessa. Tauti on yhtä yleinen miehillä ja naisilla.
Sairauden syy on tuntematon. Sairaus syntyy perinnöllisesti alttiille henkilöille todennäköisesti suolistobakteerien, ravintotekijöiden ja muiden ympäristötekijöiden vaikutuksesta. Tupakoitsijoilla on suurempi riski sairastua Crohnin tautiin kuin tupakoimattomilla, ja tupakoitsijan sairaus on vaikeampi kuin tupakoimattoman.