Useimmissa tapauksissa haimakystan tutkimiseen riittää magneettikuvaus (MRI), sillä eri kystatyypeillä on usein hyvin tyypillinen ja tunnistettava ulkonäkö. Magneettikuvaus antaa hyvän kokonaiskuvan haimasta ja sen tiehyistä ilman säderasitusta. Joskus, jos löydös jää epäselväksi, voidaan tehdä tietokonetomografia eli TT-tutkimus. TT-tutkimus voi auttaa erottamaan kystatyyppejä toisistaan ja tuoda esille hälyttäviä piirteitä, mutta siihen liittyy aina pieni säteilyaltistus.
Diagnoosin varmistamiseksi voidaan joissakin tapauksissa yrittää ottaa kudosnäyte ohutneulabiopsia eli FNB (fine needle biopsy) kystan seinämän soluista ja voidaan tutkia kystan sisällön koostumusta ja soluja ohutneulapunktiolla eli FNA:lla (fine needle aspiration). Näin voidaan arvioida, onko kyseessä limaa tuottava kysta tai onko merkkejä solujen poikkeavasta käyttäytymisestä. Tätä varten tehdään endoskooppinen ultraäänitutkimus eli EUS (endoscopic ultrasound), jossa ohut neula viedään vatsalaukun tai pohjukaissuolen seinämän läpi haimaan. Tutkimus on kuitenkin invasiivinen eli kajoava ja siihen liittyy riski esimerkiksi verenvuodosta tai haimatulehduksesta. Haimatiehyen voi tutkia tähystystekniikalla pohjukaissuolen kautta (ERCP eli endoskooppinen retrogradinen kolangio-pankretografia ja Spy-glass skopia), jolloin varjoaineella ja kameralla pääsee katsomaan haimatiehyttä sekä ottamaan näytteitä. Myös nämä ovat kajoavia tutkimuksia, joihin liittyy komplikaatioriski.