Paksusuolen tähystys eli kolonoskopia on tärkein tutkimus tulehduksellista suolisairautta epäiltäessä, mutta myös laboratoriotutkimuksia tarvitaan. Verikokeista tutkitaan useimmiten verenkuva, tulehdusarvot (lasko ja CRP) sekä munuais- ja maksa-arvot. Ennen kuin diagnoosi voidaan varmistaa, pitää pystyä sulkemaan pois muun muassa bakteerien aiheuttama suolistotulehdus. Ulostenäytteestä voidaan tutkia bakteerinäytteiden lisäksi kalprotektiini, jonka määrä ulosteessa nousee erilaisissa suolistotulehduksissa.
Crohnin tautia epäiltäessä voidaan tarvita lisäksi mahantähystystä eli gastroskopiaa, ohutsuolen magneetti- tai tietokonetutkimusta tai ohutsuolen kapselikameratutkimusta.