Crohnin tautia sairastavista potilaista noin puolet tarvitsee leikkaushoitoa kymmenen vuoden kuluessa diagnoosista. Noin 35 prosenttia joutuu uusintaleikkaukseen seuraavan kymmenen vuoden aikana.
Crohnin taudin leikkaukseen päädytään, jos potilaalla on
ahtauma tai tukos suolessa
märkäpaise tai fisteleitä
suolen puhkeaminen tai vaikea verenvuoto
Crohnin tautiin liittyvä syöpä tai sen esiaste
perianaaliseen Crohnin tautiiin liittyviä vaikeahoitoisia fisteleitä ja paiseita.