Crohnin tautia sairastavista 25 prosenttia tarvitsee leikkaushoitoa viiden vuoden kuluessa diagnoosista. Noin puolet joudutaan leikkamaan 20 vuoden kuluessa diagnoosista. Leikatuista noin puolet joutuu uusintaleikkaukseen. Jotkut käyvät läpi useita leikkauksia, ja uusintaleikkauksen riski kasvaa jokaisella leikkauskerralla.
Crohnin taudin leikkaukseen päädytään, jos potilaalla on
vaikea tulehdus, jota ei saada lääkkeillä rauhoittumaan
ahtauma tai tukos suolessa
märkäpaise tai fisteleitä
vaikea verenvuoto tai suolen puhkeaminen tai raju verenvuoto
todettu syöpäriski
perianaaliseen Crohnin tautiiin liittyviä vaikeahoitoisia fisteleitä ja paiseita.
Edellä mainittujen lisäksi myös jatkuva anemia, kipu ja aliravitsemus ovat leikkausaiheita.