Laboratoriokokeiden avulla seurataan sairauden kulkua ja lääkityksen tehoa ja turvallisuutta. Mahdollisia liitännäissairauksia voidaan myös havaita laboratoriokokein. Tutkimukset sisältävät veri-, uloste- ja virtsakokeita. Kokeita otetaan tavallisesti 3 kuukauden – 1 vuoden välein. Joidenkin lääkkeiden, kuten solunsalpaajien, käyttö vaatii varsinkin hoidon alussa tiivistä laboratoriokokeiden seurantaa.
Seurannassa käytettyjä laboratoriokokeita ovat pieni verenkuva eli PVK, johon sisältyvät muun muassa hemoglobiini, leukosyytit eli valkosolut, erytrosyytit eli punasolut ja trombosyytit eli verihiutaleet sekä maksa-arvot S-ALAT ja S-AFOS. Kokeisiin kuuluvat myös tulehdusarvot S-CRP ja lasko, munuaisten toimintaa kuvaava arvo S-Krea sekä ravitsemustilaa kuvaava arvo S-Alb. Täydellinen verenkuva eli TVK kuuluu solunsalpaajalääkitystä käyttävien perustutkimuksiin. Siihen sisältyvät pienen verenkuvan lisäksi valkosolujen alaluokat kuten neutrofiilit ja lymfosyytit.
Ulostenäytteitä otetaan sairauden alkuvaiheessa, sairauden aktivoituessa ja seurannan aikana. Ulosteen kalprotektiini on suolistosairauden aktiivisuuden mittari. Tarpeen mukaan otetaan myös ulosteen bakteeriviljelynäytteitä, esimerkiksi bakteeriviljely 1 ja clostridium difficile. Virtsanäyte otetaan munuaisten toiminnan seuraamiseksi.