Laboratoriokokeiden avulla seurataan sairauden kulkua ja lääkityksen tehoa ja turvallisuutta. Mahdollisia liitännäissairauksia voidaan myös havaita laboratoriokokein. Tutkimukset sisältävät veri-, uloste- ja virtsakokeita. Kokeita otetaan tavallisesti 3 kuukauden – 1 vuoden välein. Joidenkin lääkkeiden, kuten immuunivasteeseen vaikuttavien lääkkeiden, käyttö vaatii varsinkin hoidon alussa tiivistä laboratoriokokeiden seurantaa.
Seurannassa käytettyjä laboratoriokokeita ovat verenkuva, johon sisältyy muun muassa hemoglobiini, leukosyytit eli valkosolut, erytrosyytit eli punasolut ja trombosyytit eli verihiutaleet. Kokeisiin kuuluvat myös tulehdusarvot CRP, munuaisten toimintaa kuvaava arvo S-Krea sekä ravitsemustilaa kuvaava arvo albumiini-Alb.
Ulostenäytteitä otetaan sairauden alkuvaiheessa, sairauden aktivoituessa ja seurannan aikana. Ulosteen kalprotektiini on suolistosairauden aktiivisuuden mittari. Tarpeen mukaan otetaan myös ulosteen bakteeri näytteitä. Virtsanäyte voidaan ottaa munuaisten toiminnan seuraamiseksi.