Med hjälp av laboratorieundersökningar följer man med sjukdomens förlopp, medicineringens effekt och säkerhet. Möjliga följdsjukdomar kan även upptäckas med laboratorieprover. I undersökningarna ingår blod-, avförings- och urinprov. Provtagningen sker i regel med 3 månaders – 1 års mellanrum. Användningen av vissa läkemedel, såsom läkemedel som påverkar immunförsvaret, kräver åtminstone i början av behandlingen en tät uppföljning med laboratorieprover.
Laboratorieprover som används under uppföljning är bland annat en blodbild, som omfattar hemoglobin, leukocyter eller vita blodkroppar, erytrocyter eller röda blodkroppar och trombocyter eller blodplättar. Till proverna hör också inflammationsvärden CRP, S-Krea som beskriver njurarnas funktion samt albumin-Alb som beskriver näringsstatus.
Avföringsprov tas i början av sjukdomen, när den aktiveras och under uppföljningen. Kalprotektinet i avföringen är en måttstock för tarmsjukdomens aktivitet. Vid behov tar man också bakterieodlingsprov från avföringen. Urinprov kan tas för att följa upp njurarnas funktion.