Terveystarkastukset varusmiespalvelusta varten tehdään jo ennen kutsuntatilaisuuksia terveyskeskuksissa. Tarkastuksessa on kerrottava kaikista kroonisista sairauksista, esimerkiksi tulehduksellisesta suolistosairaudesta. Sekä ennakkoterveystarkastukseen että varsinaiseen kutsuntaan on otettava mukaan erikoislääkärin lausunto terveydentilasta.
Ratkaisun palveluskelpoisuudesta ja palvelusluokasta tekee kutsuntalääkäri. Jos sairaus pysyy rauhallisena lievällä lääkityksellä, ei ongelmia yleensä ole. Joskus on järkevää siirtää palvelukseen astumista, ja vaikeimmissa tapauksissa voidaan vapauttaa kokonaan rauhanaikaisesta palveluksesta.
Sama koskee määräystä kertausharjoituksiin: sairaudesta on ilmoitettava heti kertausharjoituksen järjestäjälle ja toimitettava tälle hoitavan lääkärin lausunto.
Tulehduksellinen suolistosairaus voi puhjeta tai aktivoitua armeija-aikana. Jos palvelusaikaa ei pysty suorittamaan normaalisti, palvelus keskeytyy ja varusmies kotiutetaan kokonaan.