Perianala abscesser öppnas och töms kirurgiskt. Dessutom används antibiotika för att behandla abscesser och fistlar för att lugna inflammationen.
Magnetisk resonanstomografi (MRI) av bäckenet är ofta nödvändig före behandling för att utreda symptomen och omfattningen av perianal Crohns sjukdom.
För fistlar som öppnar sig mot skinkans hud används ofta så kallade Seton-trådar. Dessa trådar går genom fistelgången och håller den öppen, vilket möjliggör att varansamlingar kan rinna ut. Detta hjälper till att lugna akuta situationer och förhindrar bildandet av nya abscesser. När man har fätt inflammationen under kontroll kan behandlingen av fistlar fortsätta vid behov med vanliga kirurgiska metoder.
Om den perianala Crohns sjukdomen är svår även utöver fistlarna kan man behöva ta bort hela ändtarmen och göra en bestående stomi. En tillfällig stomi kan också komma på fråga för att lugna inflammationen.
Seton-trådar räcker dock inte ensamma som behandling av fistlar, utan ofta behövs även medicinsk behandling.