Med hjälp av enteroskopi är det i alla fall i teorin möjligt att undersöka hela tunntarmen, ta vävnadsprover och göra andra nödvändiga ingrepp såsom avlägsna polyper, stoppa blödningar samt vidga förträngningar.
Den vanligaste orsaken till enteroskopi är en oklar blödning i matsmältningskanalen. En annan orsak är att ta prover av förändringar i tunntarmen som konstaterats i en kapselkameraundersökning eller vid bilddiagnostik. Till tidigare undersökningar hör vanligen en kapselkameraundersökning av tunntarmen.
Enteroskopi kan utföras med dubbla ballonger eller med enkel ballong. Undersökningen tar vanligen 1–2 timmar och undersökningen utförs vanligtvis medan patienten är i lätt narkos övervakad av en anestesiläkare. Undersökningen görs endera övre vägen såsom, vid endoskopi av magen, eller nedrevägen såsom, vid endoskopi av tjocktarmen.