Målet med uppföljningen av behandlingen är att säkerställa att sjukdomen förblir i remission, det vill säga symtomfri, och om sjukdomen blir aktiv finns hjälp att fås så fort som möjligt. Att regelbundet använda underhållsmediciner och att följa skötselråd är grundförutsättningar för att bibehålla remission och att återgå till remission. Till uppföljningen hör laboratorieprov samt endoskopier eller andra bilddiagnostiska undersökningar.
Vård och uppföljning ordnas på sjukhusens gastroenterologiska polikliniker, inremedicinska polikliniker, barnpolikliniker, hälsostationer eller andra läkarstationer.
Till behandlingsteamen för inflammatoriska tarmsjukdomar hör utöver läkaren en sjukskötare som är insatt i inflammatoriska tarmsjukdomar (IBD-skötare), bukkirurg, näringsterapeut, stomiskötare och vid behov andra yrkesutbildade personer inom hälso- och sjukvården. Långtidsuppföljningen av en sjukdom som är i en lugn fas kan förverkligas inom primärvården.