De vanligaste orsakerna till kolonoskopi är förlängd diarré, blodig diarré, blod i avföringen, oklar järnbristanemi och magont med förändringar i tarmens funktioner. Ibland letar man med undersökningen också efter orsaken till besvärlig förstoppning. Vid kolonoskopi ser man hela tjocktarmen och även slutdelen av tunntarmen. I samband med den kan man ta vävnadsprov och göra ingrepp.
Hos riskgrupper (genetisk benägenhet, vissa bakomliggande sjukdomar) är endoskopiska kontroller av tjocktarmen av största vikt för att förhindra tarmcancer. Vid endoskopin kan man lätt avlägsna förändringar på slemhinnorna som utsätter för cancer. Efter avlägsnandet av polyper kan man behöva endoskopiska uppföljningar med 3–5 års mellanrum. För de flesta räcker det att man gör undersökningen en gång.
Se på följande videofilm hur man förbereder sig inför en kolonoskopiundersökning och hur den framskrider.