Läkemedelsbehandling är den primära behandlingen för alla som lider av avföringsinkontinens. I lindriga fall räcker det ofta som behandling. Med fiberpreparat strävar man efter att göra avföringens konsistens tätare så att det blir lättare att hålla sig. Fiberpreparat gör det lättare att tömma ändtarmen och minskar inkontinensen mellan tarmtömningarna. Det är viktigt att ta fiberpreparaten regelbundet och att komma ihåg att dricka tillräckligt med vatten . Man börjar med en liten dos och ser effekten efter cirka en månads användning. I början kan man få ont och bli svullen i magen.
Vid behov kan man ta läkemedlet loperamid som saktar ner tarmfunktionen och stärker slutarmuskeln tillsammans med fiberpreparatet. Effekten börjar cirka en halvtimme efter att man svalt kapseln och varar i 6–8 timmar. Man tar vanligtvis läkemedlet direkt på morgonen och kan vid behov ta en andra kapsel på eftermiddagen. Läkemedlet är ofarligt även vid långvarigt bruk. Man kan också ta det vid behov och tar det då cirka en halvtimme innan man vill att effekten ska börja.