Stomi anläggs oftast på grund av ändtarmscancer eller inflammatorisk tarmsjukdom. Beroende på situationen görs antingen en permanent eller tillfällig stomi. Tillfällig stomi görs vid behov när det efter en tarmresektion är möjligt att förena tarmändarna, dvs. att skapa en tarmförbindelse. Syftet med stomin är att förhindra avföring från att pasera den nygjorda tarmförbindelsen samt att skapa ett skydd mot allvarliga komplikationer i fall då tarmförbindelsen inte läks som planerat. Stomin kan förslutas när tarmförbindelsen har läkt och patienten har återhämtat sig från operationen. Förbindelsens läkning och intakthet granskas antingen med bilddiagnostik eller endoskopi av tjocktarmen. Lämplig tidpunkt för att kontrollera tarmförbindelsen är tidigast 1–2 månader efter operationen.
Om operationen där stomin anlades gjordes på grund av cancer, inleds cytostatikabehandling vid behov. Stomiförslutningsoperation kan inte göras under pågående behandling, eftersom vävnadsläkningen då är osäker.