Tauti voi vaurioittaa sydämen sepelvaltimoita ja johtaa niiden laajentumiseen ja joskus tukkeutumiseenkin. Tautiin liittyy usein alkuvaiheessa ripulia, vatsakipuja ja nivelkipuja.
Kawasakin taudin ennuste on hyvä mikäli hoito päästään aloittamaan välittömästi.