Lääkehoidolla pyritään SLE:n oireettomuuteen, taudin remissioon ja pahenemisvaiheiden estämiseen sekä elämänlaadun parantamiseen. Lääkehoito on yksilöllistä ja riippuu taudin aktiivisuudesta ja siitä, mitkä elimet ovat sairastuneet. Tärkeää on hoitaa aktiivisesti myös liitännäissairaudet kuten infektiot, osteoporoosi ja sydän- ja verisuonitaudit.