Hydroksiklorokiinilääkitykseen liittyy erittäin harvoin vaarallisia haittavaikutuksia, mistä syystä potilaiden ei ole tarpeen käydä säännöllisissä verikoekontrolleissa. Tavallisimmat haittavaikutukset ovat lievä pahoinvointi, ylämahavaivat ja ihottuma. Haittavaikutukset loppuvat lääkityksen lopettamisen myötä. Jotkut potilaat ovat kuvanneet myös mielialan tavallista herkempää vaihtelua. Joillekin potilaille ilmaantuu keskushermostohaittavaikutuksia, joista painajaisunet ovat yleisimmät. Lääkityksen aikana voi ilmaantua herkkyyttä auringonvalolle. Joskus iho-oireita voidaan lievittää pitämällä 1(–2) kuukauden mittaisia taukoja aurinkoisina kuukausina, jos reumasairaus on rauhallisessa vaiheessa. Aurinkoihottuman takia potilaan on syytä suojata itsensä auringolta pysyttelemällä varjossa ja käyttämällä suojaavaa vaatetusta (solarium ei ole suotavaa). Huom. Psoriasista sairastavilla lääkitys on saattanut aiheuttaa ihottuman pahentumista.