De godkända doserna av läkemedel som finns på marknaden har valts så att nyttan av läkemedlet är större än dess möjliga biverkningar. I praktiken får ett läkemedel som är avsett för behandling av milda symtom inte ha några livshotande biverkningar. Å andra sidan kan allvarliga biverkningar accepteras för exempelvis cancerläkemedel, eftersom det handlar om behandling av en allvarlig sjukdom.
Individuella faktorer, såsom ålder, kön och genetik, påverkar hur lätt en patient får biverkningar av ett läkemedel. Även lever- och njursjukdomar kan öka risken för läkemedelsbiverkningar genom att förändra läkemedlets koncentrationer i kroppen. Ibland kan en biverkning av ett läkemedel också bero på en skadlig interaktion med ett annat läkemedel.
Läkaren måste alltid bedöma att nyttan av ett läkemedel överväger de eventuella nackdelarna när patientens medicinering ändras. I komplicerade fall kan det ibland behövas hjälp av en läkare som är specialiserad på läkemedelsbehandling, det vill säga en specialist i klinisk farmakologi.