En läkemedelsbiverkning kan bero på läkemedlets effekt på en annan plats än den avsedda. En sådan biverkning är till exempel sömnlöshet orsakad av orala glukokortikoider. Å andra sidan kan en biverkning ibland bero på en överdriven terapeutisk effekt, såsom för mycket blodtryckssänkning vid blodtrycksmedicinering.
Ofta används termen "sidoeffekt" (finska: sivuvaikutus) när man talar om biverkningar. Strikt taget avser termen "sidoeffekt" en annan än den avsedda effekten av läkemedlet och inkluderar därför inte skador orsakade av överdriven terapeutisk effekt.
En sidoeffekt kan ibland också vara en fördelaktig effekt. Till exempel används acetylsalicylsyra, eller aspirin, i årtionden som smärt- och febernedsättande medel, tills det upptäcktes att det som sidoeffekt störde blodkoagulationen. Efter upptäckten har det använts mycket allmänt i små doser för att förhindra blodproppar, bland annat i hjärtats kranskärl och hjärnans artärer. När man talar om skador orsakade av läkemedel är det därför tydligast att använda termen biverkning.