Myynnissä olevien lääkkeiden hyväksytyt annokset on valittu niin, että lääkkeestä saatava hyöty on suurempi kuin sen mahdolliset haittavaikutukset. Käytännössä lievien oireiden hoitoon tarkoitetulla lääkkeellä ei saa olla lainkaan hengenvaarallisia haittavaikutuksia. Toisaalta vaikkapa syöpälääkkeen kohdalla voidaan hyväksyä vakaviakin haittoja, koska kyse on vakavan sairauden hoidosta.
Yksilölliset tekijät, kuten ikä, sukupuoli ja perimä, vaikuttavat siihen, kuinka helposti potilas saa haittavaikutuksia lääkkeestä. Myös maksan ja munuaisten sairaudet voivat lisätä lääkehaittavaikutusten riskiä muuttamalla lääkkeen pitoisuuksia elimistössä. Joskus lääkkeen haittavaikutuksen takana saattaa myös olla haitallinen yhteisvaikutus toisen lääkkeen kanssa.
Lääkärin tulee arvioida, että lääkkeestä saatavat hyödyt ylittävät siihen mahdollisesti liittyvät haitat aina kun potilaan lääkitykseen tehdään muutoksia. Monimutkaisissa tapauksissa saatetaan joskus tarvita myös lääkehoitoon erikoistuneen lääkärin eli kliinisen farmakologian erikoislääkärin apua.