I samband med generell anestesi skyddas ögonen, men lindriga ögonskador, såsom sår på hornhinnan, förekommer hos ungefär en av 2 800 patienter. Även tandskador förekommer hos ungefär en av 4 500 patienter i samband med säkerställandet av att luftvägarna hålls öppna, särskilt om tänderna är i dåligt skick.
Modern generell anestesi är på det hela taget mycket säker även för sjuka patienter. Risken för dödsfall har uppskattats vara en av 100 000 patienter. Den största risken för en allvarlig komplikation i samband med generell anestesi är eventuella problem med att hålla luftvägarna öppna. Om luftvägarna länge är tilltäppta kan det i värsta fall leda till en bestående hjärnskada eller dödsfall. Så kallad svår luftväg i samband med generell anestesi har uppskattats förekomma hos en av 22 000 patienter, men inom vissa patientgrupper är risken avsevärt högre, till och med en av 240 patienter. Dessa riskgrupper är till exempel gravida, patienter med problem i halskotpelaren samt patienter vars magsäck inte har tömts på grund av otillräcklig fasta eller sjukdom. Andningssvårigheter förekommer också efter generell anestesi.
Generell anestesi är liksom andra anestesiformer förknippad med risk för en svår allergisk reaktion, ungefär en av 10 000 patienter löper risk för detta. Ofrivilligt vakentillstånd under generell anestesi är sällsynt, cirka 1–2 av 1 000 patienter. Det är vanligtvis fråga om ett kort ögonblick av medvetenhet. Vaknandet är i sig ofarligt, om situationen i övrigt är uthärdlig för patienten och smärtan är under kontroll. Situationen blir problematisk om man inte märker vakentillståndet genast till exempel på grund av den muskelavslappnande medicineringen. Förekomsten av ofrivilligt vakenhetstillstånd har minskat när man har använt moderna mätare för sömndjupet.
Riskfaktorer för ofrivilligt vakenhetstillstånd är
operationer på jourtid och akuta operationer, till exempel akut kejsarsnitt
operationer på hjärtat och bröstkorgen
andra allvarliga sjukdomar
ett större behov av läkemedel än normalt, till exempel vid storkonsumtion av alkohol
Det ofrivilliga vakenhetstillståndet kan även bero på tekniska problem i samband med läkemedelsadministreringen. Vid det ofrivilliga vakenhetstillståndet kan man känna beröring eller smärta, och efteråt besväras av obehagliga minnesbilder, mardrömmar och i värsta fall långvarig depression eller stress kopplad till trauma. Långvariga skador kan minskas genom samtal och psykologiskt stöd.
En sällsynt biverkning i samband med generell anestesi är också risken för övergående eller bestående nervskador som ofta beror på patientens ställning eller orörlighet under ingreppet. Risken för en bestående synskada är mycket sällsynt, cirka en av 100 000 patienter.