Yleisanestesian yhteydessä suojataan silmät, mutta lieviä silmävammoja, esimerkiksi sarveiskalvon haavaumia, esiintyy noin yhdellä potilaalla 2 800 potilaasta. Myös hammasvaurioita esiintyy noin yhdellä potilaalla 4 500 potilaasta hengitystien turvaamisen yhteydessä etenkin, jos hampaat ovat huonokuntoiset.
Nykyaikainen yleisanestesia on kaiken kaikkiaan hyvin turvallinen myös sairaille potilaille. Kuole-manriskiksi on arvioitu noin yksi potilas 100 000 potilaasta. Yleisanestesiassa merkittävin vakavan komplikaation riski liittyy hengitystien avoimuuden turvaamisen ongelmiin. Tilanteen pitkittyessä tämä voi vakavimmillaan johtaa jopa pysyvään aivovaurioon tai kuolemaan. Tämän niin sanottu vaikean ilmatien yleisyydeksi yleisanestesiassa on arvioitu yksi potilas 22 000 potilasta kohden, mutta tietyissä potilasryhmissä riski on merkittävästi suurempi, jopa yksi potilas 240 potilaasta. Näitä riskiryhmiä ovat esimerkiksi raskaana olevat, kaularankaongelmaiset potilaat sekä potilaat, joiden mahalaukku ei ole tyhjentynyt riittämättömän paaston tai sairauden vuoksi. Hengitysvaikeuksia esiintyy myös yleisanestesian päättymisen jälkeen.
Kuten muihinkin anestesiamuotoihin, yleisanestesiaan liittyy vaikean allergisen reaktion riski, noin yhdellä potilaalla 10 000 potilaasta on riski saada allerginen reaktio. Tahaton hereillä olo yleisanestesian aikana on harvinaista, noin 1 - 2 potilaalla 1 000 potilaasta. Se on tyypillisesti lyhyt tietoisuuden hetki. Havahtuminen sinänsä on vaaratonta, jos tilanne on muutoin potilaalle siedettävä ja kivut ovat hallinnassa. Ongelmalliseksi tilanne muuttuu, jos hereillä oloa ei heti huomata esimerkiksi lihaksia rentouttavan lääkityksen takia. Tahattoman hereillä olon yleisyys on vähentynyt nykyaikaisia anestesian syvyyden mittareita käytettäessä.
Tahattoman hereilläolon riskitekijöitä ovat
päivystys- ja hätäleikkaukset, esimerkiksi hätäkeisarinleikkaus
sydämen ja rintakehän alueen leikkaukset
muut vakavat sairaudet
tavanomaista suurempi lääkkeiden tarve, esimerkiksi alkoholin suurkulutukseen liittyen
Tahaton hereillä olo voi johtua myös lääkkeen antoon liittyvistä teknisistä ongelmista. Tahaton hereillä olo saattaa aiheuttaa kos-ketuksen tunnetta, kipua, epämiellyttäviä muistikuvia, painajaisia tai pahimmillaan pidempiaikaista masennusta tai traumaan liittyvää stressiä. Pitkäaikaisia haittoja voidaan vähentää keskuste-lemalla ja psykologisella tuella.
Myös yleisanestesiaan liittyy harvinaisena haittana riski ohimenevästä tai pysyvästä hermovau-riosta, joka johtuu usein potilaan asennosta ja liikkumattomuudesta toimenpiteen aikana. Pysyvän näkövamman riski on erittäin harvinainen, noin yhdellä potilaalla 100 000 potilaasta.