Förloppet av Hakolas sjukdom kan huvudsakligen delas in i fyra stadier: det latenta stadiet, skelettstadiet, det tidiga neurologiska stadiet och det sena neurologiska stadiet.
Sjukdomen är vanligtvis symtomfri fram till cirka 20 års ålder. Detta symtomfria stadium kan kallas det latenta stadiet.
Sjukdomens symtom börjar vanligtvis i 20–30 års ålder. De första symtomen är vanligtvis ansträngningsrelaterad smärta och svullnad i handleder, händer, vrister och fötter. Smärta och svullnad orsakas av bencystor i samband med sjukdomen. Röntgenbilder av handleder, händer, vrister och fötter visar bencystor och osteoporos i epifys- och metafysområden som exponerar för benbrott. Bencystor kan leda till frakturer redan före 30 års ålder. Detta stadium av sjukdomen är skelettstadiet.
Det tidiga neurologiska stadiet av Hakolas sjukdom börjar vid 30 års ålder. Då utvecklar patienterna gradvis en personlighetsförändring som kännetecknas av symtom som eufori, social hämningslöshet, nedsatt omdöme och koncentrationssvårigheter. Så småningom utvecklar patienterna också en progressiv svårighet att minnas och demens. Epileptiska anfall kan förekomma hos vissa patienter.
I det sena neurologiska stadiet utvecklas Hakolas sjukdom till djup demens, där patienterna gradvis förlorar förmågan att tala och röra sig. Detta stadium uppnås vanligen efter 40 års ålder. Djup demens leder vanligtvis till döden före 50 års ålder.
