Nasu-Hakolan taudin kulku voidaan jakaa pääpiirteissään neljään vaiheeseen: latenttiin vaiheeseen, luustovaiheeseen, varhaiseen neurologiseen vaiheeseen ja myöhäiseen neurologiseen vaiheeseen.
Tauti on yleensä oireeton noin 20 ikävuoteen saakka. Tätä oireetonta vaihetta voidaan kutsua latentiksi vaiheeksi.
Taudin oireet alkavat tyypillisesti 20-30 vuoden iässä. Ensioireita ovat yleensä rasitukseen liittyvä kipu ja turvotus ranteissa, käsissä, nilkoissa ja jalkaterissä. Kipua ja turvotusta aiheuttavat tautiin liittyvät ontelomaiset luukystat. Ranteiden, käsien, nilkkojen ja jalkaterien röntgenkuvissa todetaan epifyysi- ja metafyysialueilla murtumille altistavia luukystia ja osteoporoosia. Luukystat voivat johtaa murtumiin jo ennen 30 vuoden ikää. Tätä taudin vaihetta kutsutaan luustovaiheeksi.
Nasu-Hakolan taudin varhainen neurologinen vaihe alkaa 30 ikävuodesta lähtien. Tällöin potilaille kehittyy vähitellen persoonallisuuden muutos, jonka tyyppioireita ovat muun muassa euforia eli hilpeys, sosiaalinen estottomuus, arviointikyvyn heikkeneminen ja keskittymisvaikeudet. Vähitellen potilaille kehittyy myös etenevä muistivaikeus ja dementia. Osalla potilaista voidaan todeta epileptisiä kohtauksia.
Myöhäisessä neurologisessa vaiheessa Nasu-Hakolan tauti etenee syvään dementiaan, ja potilaat menettävät vähitellen kyvyn puhua ja liikkua. Tähän vaiheeseen siirrytään yleensä 40 ikävuoden jälkeen. Syvä dementia johtaa tyypillisesti potilaan menehtymiseen ennen 50 vuoden ikää.
