Majoriteten av sällsynta hudsjukdomar är ärftliga, vilket innebär att en tydlig förändring i en specifik gen kan påvisas, vilket leder till symtom. Sådana sjukdomar inkluderar till exempel iktyoser som orsakar förtjockning av huden och palmoplantar keratodermat, ärftliga blåssjukdomar (epidermolysis bullosa-gruppen), ektodermala dysplasier och neurofibromatos 1.
En del sällsynta hudsjukdomar betraktas dock inte som ärftliga, t.ex. autoimmuna blåssjukdomar, bindvävssjukdomar, mastocytos, histiocytos, många porfyrisjukdomar och hudlymfom.