MK on selvästi tarkempi ja monipuolisempi kuin TT paremman kudoserotuskyvyn ja vapaasti valittavan kuvausleikesuunnan ansiosta.
Ennen leikkausta tehdään aina raajojen alueen kasvaimissa magneettikuvaus (MK) suonensisäisellä varjoaineella tehostettuna, jos sille ei ole estettä. Kasvaimen suhde läheisiin verisuoniin, hermoihin ja muihin kudoksiin selvitetään tarkoin, jotta poistosta tulisi mahdollisimman täydellinen ja turvallinen.
MK perustuu voimakkaan magneettikentän kykyyn kääntää vetyatomien suuntaa, ja näiden kääntymisten palautumisen aiheuttamien impulssien mittaamiseen. Siinä ei käytetä lainkaan röntgensäteilyä, ja siksi se on ensisijainen kuvausmenetelmä pienten lasten tai raskaana olevien henkilöiden aivojen kuvaukseen (lukuun ottamatta raskauden ensimmäistä kolmannesta). MK on potilaalle vaaraton; ainoastaan sellaisia henkilöitä, joille on leikkauksessa asetettu sisäkorvaproteesi tai esimerkiksi työtapaturmassa silmän alueelle joutunut metallisiru, ei voi kuvata MK:lla. Monet sydämentahdistinpotilaatkin voidaan nykyisin kuvata MK:lla sydänlääkärin valvonnassa. Tavalliset lonkkaproteesit tai luunmurtumien hoidossa käytetyt levyt ja ruuvit eivät ole este MK:lle.
Magneettikuvaus on melko pitkäkestoinen ja se tehdään pienehkössä tilassa, joka voi aiheuttaa suljetun paikan kammoa. Tällaisesta taipumuksesta on hyvä mainita lääkärille ennen tutkimusta.
Myös magneettikuvauksen aikana potilaalle annetaan usein kyynärtaipeen laskimoon ns. tehosteainetta, jolla runsaasti verisuonia sisältävät rakenteet saadaan paremmin näkyviin. Magneettikuvauksessa käytetty gadoliniumia sisältävä tehosteaine on koostumukseltaan erilaista kuin TT- varjoaine, joten sitä voidaan käyttää yleensä silloinkin, kun TT-kuvauksessa varjoainetta ei ole voitu antaa esim. munuaisten vajaatoiminnan tai jodiyliherkkyyden takia.