Peräaukon alueen Crohnin taudissa peräaukon ympäristöön voi syntyä fissuuroita eli kivuliaita, kroonisia haavaumia. Fissuurat sijaitsevat yleisimmin peräaukon suulla. Ne voivat erittää verta tai kudosnesteitä.
Joskus Crohnin taudin ensimmäinen ilmentymä voi olla peräaukon seudun paise.
Tulehdus voi levitä suolen seinämän läpi muodostaen käytäviä eli fisteleitä iholle tai viereiseen elimeen, esimerkiksi virtsarakkoon tai emättimeen. Peräaukon ympäristössä fistelikäytävä kulkee useimmiten peräsuolesta peräaukon viereen iholle, mutta toisinaan myös kauemmaksi peräaukosta. Fisteli voi vuotaa jatkuvasti tai ajoittain märkää tai ulostetta sekä joskus vertakin. Fistelikäytäviin voi kehittyä paiseita, jotka joudutaan yleensä avaamaan kirurgisesti.