Perintötekijöillä tiedetään olevan vaikutusta sairastumiseen. Taustalla arvellaan olevan synnynnäisiä suolen limakalvon poikkeavuuksia, jotka johtavat epänormaaliin puolustusvasteeseen suolen bakteereja vastaan.
Tulehduksellisia suolistosairauksia sairastavista 5–20 prosentilla on suvussa joko Crohnin tautia tai haavaista paksusuolentulehdusta. Tulehduksellista suolistosairautta sairastavan henkilön vanhemmilla, täysillä sisaruksilla ja lapsilla on noin 10–15 kertaa suurempi riski sairastua tulehdukselliseen suolistosairauteen. Crohnin taudin kohdalla sairastumisriski on jonkin verran korkeampi kuin haavaisessa paksusuolentulehduksessa. Jos toisella vanhemmista on tulehduksellinen suolistosairaus, lapsen sairastumisriski on 10–20 prosenttia. Jos molemmilla vanhemmilla on tulehduksellinen suolistosairaus, lapsen sairastumisriski on 30–50 prosenttia.