Paiseet avataan ja tyhjennetään kirurgisesti. Lisäksi paiseiden ja fisteleiden hoidossa käytetään antibiootteja.
Pakaran iholle avautuviin fisteleihin laitetaan usein niin sanottuja Seton-lankoja. Lanka kulkee fistelikäytävän läpi ja pitää näin käytävän auki, jolloin märkäkertymät pääsevät valumaan ulos ja akuutti tilanne rauhoittuu eikä uusia paiseita pääse syntymään. Tulehdustilanteen rauhoituttua fistelien hoitoa voidaan tarvittaessa jatkaa tavanomaisin kirurgisin keinoin.
Jos peräsuolen Crohnin tauti on fisteleiden lisäksi muutoinkin vaikea, voidaan joutua poistamaan koko peräsuoli ja tekemään pysyvä avanne. Myös väliaikainen avanne voi tulla kyseeseen tulehduksen rauhoittamiseksi.
Jos Crohnin tauti aiheuttaa anaaliseudulla monimutkaisia fisteleitä, joissa on monia kanavia, TNF-alfan estäjiä voidaan käyttää lääkityksenä sen jälkeen, kun paiseet on avattu ja fistelit hoidettu tarvittaessa Seton-lankojen avulla. Lääkitykseen voidaan yhdistää atsatiopriini-, 6-merkaptopuriini- tai metotreksaattilääkitys.
Lantion magneettikuvaus (MRI) on usein ennen hoitoa tarpeellinen perianaalisen Crohnin taudin oireita ja taudin laajuutta selvitellessä.