Ajoittainen haponestolääkitys auttaa tavallisesti hyvin refluksitaudin oireisiin. Tauti on kuitenkin krooninen ja elintapamuutosten pitäisi olla pysyviä – muuten lääkehoitojaksoja tarvitaan toistuvasti.
Oireiden uusiessa voidaan aloittaa 6–12 viikon lääkehoito uudelleen tai käyttää lääkkeitä pitempään. Pitkäaikaishoidossa riittää yleensä pienempi lääkeannos kuin alkuvaiheen hoidossa.
Lääkkeet eivät estä mahan sisällön takaisinvirtausta, mutta koska se ei enää ole hapanta, neste ei ärsytä ruokatorvea. Lääkkeitä käytetään säännöllisesti päivittäin 6–12 viikon ajan, minkä jälkeen ne lopetetaan ja seurataan, pysyvätkö oireet poissa. Yli 2 kuukautta kestänyt lääkitys pitää lopettaa asteittain usean viikon aikana, sillä nopea lopettaminen aiheuttaa mahan normaalia suuremman hapontuoton ja oireiden kiihtymisen. Annos kannattaa ensin puolittaa 2–3 viikon ajaksi, ja sen jälkeen annostusväliä voi vähitellen pidentää: lääkkeen voi ottaa vaikkapa joka toinen tai joka kolmas päivä.
Satunnaisia oireita voi hoitaa itse apteekista vapaasti saatavin happosalpaajalääkkein. Pitkäaikainen lääkitys aloitetaan lääkärin seurannassa. Oireiden pahenemisesta tai lääkityksen tarpeen merkittävästä lisääntymisestä kannattaa kertoa seurannasta vastaavalle lääkärille.