Refluksitaudin kirurgisen hoidon eli fundoplikaatioleikkauksen tavoitteena on estää happaman mahansisällön nousu ruokatorveen. Se toteutetaan kiertämällä mahalaukun yläosa ruokatorven alaosan ympäri pehmeäksi, noin 2 senttimetriä pitkäksi kaulukseksi, joka kiinnitetään paikalleen 2–3 ompeleella. Tämä kaulus eli mansetti estää takaisinvirtauksen.
Mahdollinen palleatyrä korjataan samalla tuomalla pallea-aukon yläpuolelle rintaonteloon noussut mahalaukun osa takaisin pallean alapuolelle vatsaonteloon ja sulkemalla pallea-aukko tiiviimmäksi ompelein. Leikkaus tehdään nukutuksessa yleensä tähystyksellisesti eli laparoskooppisesti. Iholle tulee viisi pientä, noin 1 senttimetrin pituista haavaa.