Paksusuolen tähystys eli kolonoskopia on tärkein tutkimus tulehduksellista suolisairautta epäiltäessä. Tähystyksessä tutkitaan perä- ja paksusuoli ja ohutsuolen loppuosa ja otetaan koepaloja suolen pinnasta. Paksusuolen tähystystä tarvitaan myös sairauden seurannassa lääkehoitovasteen selvittämiseksi sekä myöhemmin oireista riippumatta säännöllisesti syöpää ennakoivien solumuutosten löytämiseksi.
Mahantähystyksessä eli gastroskopiassa tutkitaan ruokatorvea, mahalaukkua ja ohutsuolen alkuosaa ja otetaan koepaloja. Crohnin taudissa on usein tutkittava myös tämä alue taudin laajuuden selvittämiseksi.
Ohutsuolen kapselikameratutkimusta käytetään Crohnin taudissa ohutsuolen tutkimiseen silloin, kun halutaan tutkia koko ohutsuoli. Tutkimuksessa ei saada suolen pinnasta koepaloja. Se ei myöskään sovi potilaille, joiden suolessa on ahtaumia tai kaventumia, koska kapseli saattaa juuttua ahtaaseen kohtaan.
Ohutsuolen tähystyksessä eli enteroskopiassa edetään ohutsuolessa huomattavasti pidemmälle kuin gastroskopiassa tai kolonoskopiassa. Tutkimuksen yhteydessä voidaan ottaa koepaloja.