Vatsan turvotus ja varhainen täyttymisen tunne ovat tavallisia ongelmia refluksitaudin leikkaushoidon eli fundoplikaatioleikkauksen jälkeen. Ongelmat johtuvat muutoksesta röyhtäilykyvyssä. Myös jotkut muut vatsan oireet, kuten ärtyvän suolen oireyhtymä tai ulosteen pidätyskykyongelmat, voivat jopa lisääntyä. Ilmavaivat lisääntyvät kahdella kolmesta leikatusta pitkäaikaisesti.
Leikkauksen jälkeen nieleminen voi vaikeutua muutaman päivän ajaksi. Joskus pahin vaihe on vasta 2–3 viikkoa leikkauksesta, mutta oire poistuu vähitellen 1–3 kuukauden kuluessa. Leikkauksen myötä röyhtäilyn tiheys ja määrä pienenevät. Leikkauksen seurauksena noin puolet potilaista menettää pysyvästi kyvyn oksentaa.
Pienelle osalle leikatuista voi kehittyä mahan tyhjenemisen säätelyjärjestelmän häiriintymisen seurauksena krooninen ripuli tai ruokailun jälkeisiä ”dumping-oireita”, kuten hikoilua, vapinaa, sydämen tykytystä, pahoinvointia tai löysät ulosteet. Hoitona ovat säännöllinen ateriarytmi, kohtuullinen sokerin käyttö ja ravintokuidun lisäys.
Vuosien kuluessa osa rakennetuista ”takaiskuventtiileistä” venyy, ja närästysoireet voivat palata. Varsin moni päätyy uudelleen käyttämään happosalpaajalääkkeitä. Uusintaleikkauksia tehdään harvoin, koska uusintaleikkauksen tulokset ovat usein huonompia kuin alkuperäisen leikkauksen. Joskus uusintaleikkaukseen päädytään takaiskuventtiilin liu’uttua pois paikaltaan siten, että ruoan kulku alas vaikeutuu.
Leikkaukseen liittyvä kuoleman riski on samaa luokkaa kuin sappi- tai tekonivelleikkauksissa eli hyvin vähäinen. Tavallisia mihin tahansa leikkaukseen liittyviä riskejä ovat vuoto-, laskimotukos- ja infektiovaara. Noin yhdellä kymmenestä esiintyy leikkaukseen liittyviä joskus vaikeitakin haittoja.