Under operationen avlägsnas tjocktarmen och ändtarmen. Av tunntarmens slutdel konstrueras en behållare som ersätter ändtarmen, det vill säga en så kallad bäckenreservoar (J-påse) som fästs ovanför ändtarmsöppningen. En sådan operation kallas IPAA-operation. Operationen möjliggör att man normalt kan tömma tarmen via ändtarmsöppningen och man undviker en permanent tunntarmsstomi.
Vid en planerad, elektiv operation är det möjligt att avlägsna tjock- och ändtarmen, det vill säga göra en proktokolektomi och konstruera en bäckenreservoar (J-påse) under en och samma operation. Behovet av en tillfällig stomi som skyddar operationssårets läkning, övervägs vanligen från patient till patient.
Vid en akut operation avlägsnas tjocktarmen men ändtarmen lämnas kvar och man gör en tillfällig tunntarmsstomi. Även i sådana fall kan en bäckenreservoar (J-påse) nästan alltid konstrueras i efterhand i samband med att man avlägsnar ändtarmen.
Bäckenreservoaren (J-påsen) är en behållare som konstruerats av tunntarmen. Tjock- och ändtarmen tas loss och kapas av vid ändtarmen ovanför slutmuskeln. Av tunntarmen görs en J-formad behållare som fästs med en tarmfog ovanför ändtarmsöppningen. Ändtarmsöppningens slutmuskler sparas så att kontinensen ska fungera så normalt som möjligt efter operationen.
Den vanligaste komplikationen efter en operation är att bäckenreservoaren (J-påsen), som är konstruerad av tunntarmen inflammeras. När det har gått tio år sedan operationen har lite under hälften av patienterna upplevt minst en inflammation i bäckenreservoaren (J-påsen). Symtomen på en inflammation i bäckenreservoaren (J-påsen) är diarré och blod i avföringen. Inflammationen behandlas i huvudsak med antibiotika. Probiotpreparatet VSL#3 kan användas vid förebyggande behandling av en inflammation i bäckenreservoaren (J-påsen).
De är inte möjligt att konstruera en bäckenreservoar (J-påse) åt alla som insjuknat i ulcerös kolit. Om patienten är gammal och i dåligt skick eller om patientens slutmuskler inte fungerar optimalt, lönar det sig inte att konstruera påsen. Ibland, dock sällan räcker inte tarmen tillräckligt lågt ner i bäckenet för att en bäckenreservoar (J-påse) ska kunna konstrueras. Om patienten definitivt hellre vill ha en tunntarmsstomi, kan en sådan göras och man låter bli att konstruera en bäckenreservoar (J-påse).