Endoskopi av tjocktarmen, det vill säga kolonoskopi är den viktigaste undersökningen vid misstanke om inflammatorisk tarmsjukdom, men det behövs även laboratorieundersökningar. Ur blodprov undersöks vanligen blodstatus, inflammationsvärd (CRP) samt njur- och levervärden. Innan diagnosen kan fastställas, måste man kunna utesluta bland annat tarminflammation som orsakas av bakterier. Ur avföringsprov kan man utöver bakterieprover även undersöka kalprotektin vars mängd i avföringen stiger vid olika tarminflammationer.
Vid misstanke om Crohns sjukdom kan det även behövas endoskopi av magsäcken, det vill säga gastroskopi, magnet- eller datortomografi eller en kapselkameraundersökning av tunntarmen.