Endoskopi av tjocktarmen, dvs. kolonoskopi, är den viktigaste undersökningen vid misstanke om en inflammatorisk tarmsjukdom. Vid endoskopi undersöker man änd- och tjocktarmen samt slutdelen av tunntarmen. Vävnadsprover tas från tarmens slemhinnan. Koloskopi behövs också vid uppföljning av sjukdomen, oberoende av symtom, för att kunna upptäcka möjliga cellförändringar som kan föregå cancer.
Vid endoskopi av magsäcken, dvs gastroskopi, undersöks matstrupen, magsäcken samt tunntarmens övre del. En vävnadsprover tas. Vid Crohns sjukdom görs en gastroskopi om man misstänker sjukdomsrelaterade förändringar i den övre delen av mag-tarmkanalen.
Kapselkameraundersökning av tunntarmen används vid Crohns sjukdom när man vill undersöka hela tunntarmen. I undersökningen kan inte vävnadsprover tas från tarmens slemhinnan. Den passar inte heller patienter som har förträngningar eller avsmalningar i tarmen, eftersom kapseln kan fastna på trånga ställen.
Vid endoskopi av tunntarmen, dvs. enteroskopi, går man betydligt längre in i tunntarmen än vid gastroskopi eller kolonoskopi. I samband med undersökningen kan man ta vävnadsprover.