Vid perianal Crohns sjukdom kan det uppstå fissurer, alltså smärtsamma, kroniska sprickor, kring ändtarmsöppningen. Fissurerna sitter vanligtvis vid ändtarmsöppningens mynning. De kan utsöndra blod eller vävnadsvätskor.
Ibland kan det första tecknet på Crohns sjukdom vara en böld vid ändtarmsöppningen.
Inflammationen kan sprida sig genom tarmväggen och bilda gångar, eller fistlar, på huden eller i ett närliggande organ, till exempel urinblåsan eller slidan. Vid ändtarmsöppningen går fistelgången oftast från ändtarmen till huden intill ändtarmsöppningen, men ibland också längre bort från ändtarmsöppningen. Fisteln kan läcka var eller avföring hela tiden eller tidvis och ibland också blod. Det kan utvecklas bölder i fistelgångarna, som man vanligtvis måste öppna kirurgiskt.