Lapsilla munuaisten ja virtsateiden kivet ovat harvinaisia ja yleensä liittyvät johonkin altistavaan aineenvaihduntatekijään. Silloin virtsaan erittyy liukoisuuskynnyksen ylittävä määrä joitakin yhdisteitä, kuten kiteytyviä suoloja tai aminohappoja.
Virtsa on normaalisti hieman hapanta, koska munuaiset poistavat elimistöstä aineenvaihdunnan tuottamaa happamuutta. Happamuus vähentää useiden yhdisteiden liukoisuutta, jolloin ne sakkautuvat ja kiteytyvät helpommin. Häiriöt virtsan happamuuden säätelyssä tai liukoisten aineiden kiteytymistä vähentävien aineiden erittymisessä voivat myös olla kivien syntymisen taustalla.
Erityisesti rakenteeltaan poikkeavissa munuaisissa myös virtsatietulehdukset voivat altistaa niin sanottujen tulehduskivien syntymiselle. Riittämätön nesteen saanti, ravinnon runsas valkuaismäärä ja suola edesauttavat virtsakivien muodostumista, mutta ovat lapsilla harvoin ainoa syy kiville.
Virtsatiekivien löytyminen lapsella on aina aihe tarkempiin tutkimuksiin, sillä noin puolella lapsipotilaista virtsaan erittyvien aineiden koostumus on poikkeava. Taustalta voi olla jokin seuraavista syistä:
häiriö elimistön kalsium- tai fosfaattitasapainossa
valkuaisaineenvaihdunnan häiriö
muu aineenvaihduntasairaus
munuaistiehyeiden eli tubulusten toiminnan poikkeavuus
Myös munuaisten tai virtsateiden rakennepoikkeavuudet altistavat joskus kivimuodostukselle huonontuneen virtsan virtauksen seurauksena.