Riippuvuuden lisäksi opioidien pitkäaikaiskäyttöön voi liittyä monia muitakin haittoja.
Opioidit hidastavat suoliston liikettä ja lisäävät veden imeytymistä suolistosta, mikä lisää ulosteen kovettumista. Tämän takia ummetus voi olla opioidien vaikea haittavaikutus.
Pitkäaikaisessa käytössä opioidit voivat aiheuttaa myös hormonitoiminnan häiriöitä, sillä ne voivat heikentää lisämunuaisen hormonieritystä ja vähentää sukupuolihormonien eritystä. Viimeksi mainitusta seurauksena voi olla luustokato ja miehillä testosteronitasojen laskusta johtuvat oireet.
Opioidit vaikuttavat myös tunteisiin, ajatteluun, tarkkaavaisuuteen ja muistiin. Pitkäaikaiskäytön mahdollisia haittoja ovat myös masennus, sekavuus ja uniongelmat.
Pitkäaikainen opioidin käyttö voi myös herkistää keskushermostoa ja siten yllättävästi aiheuttaa kivun voimistumista tai laajentumista.