Kuten kaikilla lääkkeillä, myös biologisilla lääkkeillä voi olla haittavaikutuksia, mutta yleisesti ottaen biologiset lääkkeet ovat hyvin siedettyjä. Perinteisillä, kemiallisilla lääkkeillä haittavaikutukset voivat olla esimerkiksi munuaisiin tai maksaan kohdistuvia ja aiheuttaa näiden elinten vajaatoimintaa. Biologisilla lääkkeillä haittavaikutukset ovat tyypillisesti erilaisia yliherkkyysreaktioita tai tulehdus- ja infektioherkkyyden lisääntymistä. Niillä voi kuitenkin olla myös muihin elinjärjestelmiin kohdistuvia haittoja (esim. iho, keskushermosto), jotka osittain riippuvat lääkkeen antotavasta ja vaikutusmekanismista. Biologisille lääkkeille ominaiset mahdolliset haitat ovat listattuna pakkausselosteessa ja lääkärisi kertoo niistä lääkehoitoa aloitettaessa.
Biologisten lääkkeiden yksi ongelma on myös se, että ei voida olla varmoja siitä, kuinka kauan vaikutus säilyy kullakin käyttäjällä, joten niiden vaikutus kuhunkin potilaaseen on vaikeampaa ennakoida kuin perinteisten lääkkeiden.. Potilaan elimistö voi alkaa tuottaa vasta-aineita biologista lääkettä vastaan, jolloin lääkkeen teho hiipuu.
Koska biologiset lääkkeet ovat elävästä materiaalista valmistettuja, ne voivat myös pilaantua esimerkiksi väärän valmistuksen tai säilytyksen aikana, samoin on pienen pieni mahdollisuus, että niihin olisi jäänyt jotain ylimääräistä valmistuksen aikana. Turvallisuuden takaamiseksi onkin päätetty, että kaikki biologiset lääkkeet kirjataan potilaan tietoihin niin tarkasti, että valmistusaika- ja paikka voidaan aina selvittää jälkikäteenkin. Näin tehdään Euroopassa kaikkialla.