Katetriablaatiohoitoa voidaan harkita jos eteisvärinään liittyvät oireet ovat vaikeat eivätkä rytmihäiriölääkkeet ole tehonneet tai eivät sovellu käytettäviksi.
Toimenpide tehdään verisuoniteitse nivuslaskimon kautta, jossa keuhkolaskimoiden tyvialueen rytmihäiriöpesäkkeet eristetään muusta eteiskudoksesta joko radiotaajuusenergiaa tai kylmä- eli kryopalloa hyväksi käyttäen.
Katetrihoidon tulokset ovat oikein valituilla potilailla hyviä ja usein toimenpiteen jälkeen rytmihäiriölääkityksiä voidaan vähentää tai jopa lopettaa ne kokonaan.
Antikoagulaatiohoitoa täytyy kuitenkin jatkaa poislukien tapaukset, joissa aivohalvausriski on todettu pieneksi. Toimenpiteeseen liittyy komplikaatioriski, minkä vuoksi ablaatiohoito ei yleensä ole eteisvärinän ensivaiheen hoitoa. Kajoavan katetrihoidon tarpeen ja potilaan soveltuvuuden toimenpiteeseen arvioi rytmihäiriöiden hoitoon perehtynyt kardiologi.