Lääkityksen tarvetta arvioitaessa määritetään aivohalvausriski (CHA₂DS₂VaSc-pisteytys) ja toisaalta verenvuotoriski. Suuressa ja keskisuuressa aivohalvausvaarassa oleville aloitetaan antikoagulaatiohoito, jollei se ole vasta-aiheinen. Yleensä lääkityksenä käytetään joko varfariinia (Marevan®) tai uusia ns. suoria antikoagulantteja, joita ovat apiksabaani (Eliquis®), dabigatraani (Pradaxa®), edoksabaani (Lixiana®) ja rivaroksabaani (Xarelto®).
Eteisvärinän estämiseksi ja sen aiheuttamien oireiden lievittämiseksi voidaan käyttää useita eri rytmihäiriölääkityksiä. Ensivaiheen hoitona on yleensä beetasalpaaja-lääkitys, joka voidaan aloittaa jo perusterveydenhuollon puolella. Tätä tehokkaampien, varsinaisten rytmihäiriölääkkeiden aloitus, tapahtuu rytmihäiriöiden hoitoon perehtyneen sisätautilääkärin tai kardiologin toimesta.