Eteisvärinän ennusteeseen voidaan vaikuttaa antikoagulaatiohoidolla ja liitännäissairauksien kuten verenpainetaudin, diabeteksen, sydämen vajaatoiminnan, sepelvaltimotaudin ja ylipainon hyvällä hoidolla. Muu hoito on rytmihäiriöoireita lievittävää.
Tärkeintä hoidossa on arvioida eteisvärinään liittyvä aivohalvauksen vaara ja aloittaa antikoagulaatiohoito suuren ja keskisuuren vaaran potilaille. Aivohalvauksen vaaraa arvioitaessa käytetään CHA₂DS₂VaSc-pisteytystä.
Eteisvärinän hoito jakautuu kahteen hoitolinjaan, jotka ovat sykkeenhallinta ja rytminhallinta. Hoitolinja valitaan yksilöllisesti huomioiden muun muassa:
eteisvärinän oireet
muut sairaudet
eteisvärinän kesto
odotettavissa olevat hyödyt ja haitat hoidosta
potilaan toiveet
Yleensä ensimmäisen oireisen eteisvärinäkohtauksen yhteydessä rytmin palauttamista normaaliksi kannattaa yrittää.