Sjukdomen har en mycket växlande sjukdomsbild, och den kan ge symtom i spädbarnsåldern eller först i sen vuxen ålder beroende på sjukdomens svårighetsgrad.
I den klassiska spädbarnsformen börjar symtomen under de första levnadsmånaderna med ätstörningar, infektioner i andningsvägarna eller avsaknad av faser i den motoriska utvecklingen (vända på sig, sitta och stå). Barnet har muskelhypotoni eller slapphet. Typiskt utvecklas förtjockning av hjärtväggarna eller kardiomyopati. Dessutom kan tungan eller levern förstoras. Om den inte behandlas leder sjukdomen till döden före ett års ålder.
I den icke-klassiska barndomsformen är det huvudsakliga sjukdomssymtomet muskelsvaghet. Endast ett fåtal patienter får en hjärtsjukdom. Hos dessa barn försenas den motoriska utvecklingen eller de har svårigheter att springa eller delta i idrott, eller de känner svaghet eller trötthet. Ansamlingen av glykogen i andningsmusklerna, även i mellangärdesmuskeln, kan leda till andningssvårigheter i synnerhet när de ligger ner. Vadmusklerna kan vara förtjockade. Muskelsjukdomen och andningssvikten förvärras lite i sänder, till dess personen är beroende av andningsstöd eller är rullstolsbunden. Hos vissa personer kan sjukdomen leda till döden i barnaåldern på grund av andningssvikt.
Sjukdomsformen som uppträder i vuxen ålder börjar i allmänhet i 30–40-årsåldern. De första symtomen visar sig som svårigheter att använda musklerna till exempel när man springer, går uppför trappor, promenerar eller reser sig från sittande. Symtom kan även vara svaghet i svalgmusklerna, förskjutning av skulderbladet eller hängande ögonlock, ptos. Muskelkramper och trötthet kan ingå i symtomen. Hos 11 procent av patienterna har de första symtomen börjat redan i barndomen.
Sjukdomen påverkar mest bålens och extremiteternas proximala muskler och påminner därför om skulder-bäcken-muskeldystrofi. Även mellangärdesmuskeln injsuknar ofta och orsakar ibland akut andningssvikt till och med som första symtom. Funktionsstörningar i mellangärdet kan undersökas genom att genom andningsprov utreda vitalkapacitetens försämring från sittande ställning till liggande. Ibland är en måttlig skulder-bäcken-svaghet som anknyter till svår andningssvikt ett fynd som väcker misstanke om Pompes sjukdom.
Sjukdom i hjärtmuskeln utvecklas oftast inte hos vuxna. Hos åtta procent konstateras en ledningsstörning i hjärtat (Wolff-Parkinson-White (WPW) syndrom).
Den huvudsakliga dödsorsaken är andningssvikt, vars status bör följas upp med årliga funktionstester och genom behandling med andningsstöd vid behov. Mer sällan kan en upplagringssjukdom i blodkärl i skallen, aneyrysmer, orsaka en hjärnhändelse.
Hela en av fem har normal halt av muskelenzymer (CK). Som screening för diagnosen används enzymaktiviteten i torrdroppsprov, men i mycket lindriga fall ska det göras i odlade fibroblaster. Biopsi kan visa typiska förändringar (PAS-färgning), men i de flesta vuxendebuterande fall är resultatet normalt.
Symtomatisk och stödjande behandling såsom andningsstöd. Ersättningsbehandling med enzymer kan stoppa sjukdomens gång eller ibland till och med reparera skador som uppstått, men resultaten beror på sjukdomens svårighetsgrad och fas.
Sjukdomen nedärvs autosomalt recessivt.
Det finns inga uppgifter om sjukdomens förekomst i Finland.