Behandlingen med immundämpande läkemedel börjar på organtransplantationsavdelningen redan före operationen och man gör uppehåll med största delen av de tidigare läkemedlen. Patienten får en individuell plan för behandlingen med immundämpande läkemedel och den omfattar i regel 2–3 preparat. Inledningsvis är läkemedelsdoserna höga, eftersom risken för avstötning är som störst direkt efter organtransplantationen. Risken minskar dock med tiden och doserna kan minskas så småningom. Läkemedelsbehandlingen fortsätter resten av livet eller så länge som njurtransplantatet fungerar. För att säkerställa njurtransplantatets funktion är det oerhört viktigt att patienten tar läkemedlen som förhindrar avstötning varje dag enligt läkarens ordination.