Efter många års användning är risken för cancer också högre. Om man skulle sluta ta läkemedlen som förhindrar avstötning eller om doserna var för låga skulle njurtransplantatfunktionen försämras antingen plötsligt eller så småningom under en längre tidsperiod. Detta kallas för avstötning eller rejektion. Försämringen av njurtransplantatets funktion kan bero på flera olika orsaker. Dessutom kan det finnas en rad biverkningar, men deras förekomst är individuell.