Munuaissiirron voi estää hiljattain sairastettu tai aktiivinen syöpäsairaus tai krooninen tulehdus, sillä siirron jälkeinen hylkimisenestolääkitys voi pahentaa näitä sairauksia. Myös vaikea valtimokovettumatauti lantion tai alaraajojen verisuonisairauksissa leikkaus ei teknisesti ole mahdollista. Samalla vaikea ylipaino lisää huomattavasti leikkaukseen liittyviä riskejä, riittämätön yleiskunto kestämään leikkauksen ja elinikäisen hyljinnänestolääkityksen.