Munuaisten toimintaa tutkitaan mittaamalla veren kreatiniinipitoisuus. Kreatiniini on lihasten aineenvaihdunnan lopputuote, ja munuaistoiminnan huonontuessa munuaiset eivät poista sitä verestä normaalisti ja sen määrä veressä nousee. Kreatiniinitason perusteella voidaan laskea munuaiskerästen suodatusnopeus (GFR, Glomerular Filtration Rate), joka kuvaa munuaistoimintaa paremmin kuin pelkkä kreatiniinitaso. Kreatiniinin määrään vaikuttavat munuaistoiminnan lisäksi henkilön koko ja ravitsemustila.
Munuaistoimintaa arvioitaessa on tärkeä tutkia myös virtsanäyte, erityisesti onko virtsassa punasoluja tai valkuaista.
Ultraäänitutkimuksen avulla selvitetään munuaisten rakenne ja koko. Tavallisesti munuaiset ovat samankokoiset, aikuisella noin 10–13 senttimetrin mittaiset. Lisäksi ultraäänellä selviää, onko virtsankulku vapaata.
Osalla potilaista munuaistaudin laatu selviää riittävästi pelkästään veri- ja virtsanäytteiden sekä kuvantamistutkimusten avulla, eikä lisätutkimuksia tarvita. Joskus munuaistaudin tarkkaan diagnoosiin vaaditaan kuitenkin koepala munuaisesta eli munuaisbiopsia. Munuaisbiopsia otetaan paikallispuudutuksessa neulanäytteenä. Toimenpide on jokseenkin kivuton. Patologi tutkii biopsianäytteen ja pystyy usein kertomaan tarkan diagnoosin.
Mikäli munuaistauti on jo pitkälle edennyt, ovat munuaiset jo kutistuneet ja arpeutuneet, eikä biopsiasta ole silloin enää hyötyä.
Munuaistaudin ennuste on vaihteleva. Jotkut munuaistaudit etenevät hyvin hitaasti. Huonon ennusteen merkkejä ovat nopea kreatiniinitason nousu, vaikea verenpainetauti tai runsas valkuaisvirtsaisuus.